《奇妙共感双男主》是一部结合了奇幻与悬疑色彩的都市情感漫画，讲述了两位性格截然相反的高中生——极度理性的学霸程规与极度感性的艺术生易安——因为一场意外事故，大脑被一种神秘实验装置连接，从此两人之间产生了“共感”能力。他们能共享触觉、听觉、味觉，甚至部分情绪与记忆片段。这对于习惯于用逻辑掌控一切的程规和追求自由随性的易安来说，都是一场巨大的灾难。两人被迫开始了鸡飞狗跳的同居生活，试图找到解除共感的方法。然而，随着共感的深入，他们开始窥见对方内心深处的创伤与秘密，从互相嫌弃到逐渐理解，再到无法割舍。与此同时，一个神秘的组织也在暗中追踪他们，想要回收这个失败的实验品，两人不得不联手对抗外部的危机，并在这个过程中，建立起了一种超越普通友情的深刻羁绊。
为了彻底摆脱实验组织的追杀，程规和易安决定主动反击。他们在雨夜与敌人展开最后的追逐，共感让他们无需语言就能完美配合。当易安为程规挡下一击时，程规第一次感觉到，心脏的疼痛原来如此具象。危机解除后，共感依然存在，但他们不再想解除了，因为他们终于明白，这是命运给予的最好的礼物。
程规的共感突然消失，易安急疯了。原来程规为了不让易安感受到自己童年被虐待的痛苦记忆，强行用“逻辑闸门”屏蔽了共感。易安闯入程规的公寓，砸了他的电脑，吼道：“你把我当什么人？只能同甘不能共苦的废物吗？”程规看着他，第一次卸下防备，让他看到了那片黑暗的记忆。共感恢复，两人都泪流满面。
易安作为艺术生需要参加一场重要的美食主题画展，但他却尝不出任何味道。程规利用共感，将自己精确的味觉分析转换成色彩信号“传输”给易安。易安最终画出了一幅名为《逻辑的盛宴》的作品，用极致的色彩冲突表达了对程规味觉的“翻译”，画展大获成功。两人站在画前，第一次觉得，讨厌对方的优点其实也挺酷的。
易安发现程规总在半夜画一些奇怪的涂鸦，醒来却毫无记忆。他偷偷记录了程规的梦游画作，发现那些画里全是关于自己的场景，而且画中的自己看起来总是很悲伤。易安质问程规是不是在梦里“欺负”自己，程规罕见地脸红了，说那是因为他在梦里也在想“怎么才能让这家伙闭嘴”。
学校举办运动会，易安在接力赛中摔倒，剧烈的疼痛瞬间通过共感传给了观众席上的程规。程规疼得差点晕倒，却还是不顾一切地冲下看台，抱起了倒在地上的易安。全场哗然，两个男生在众目睽睽之下紧紧相拥。事后两人尴尬得要死，但那股“疼痛中的温暖”却怎么也忘不掉。
新学期第一天，程规在走廊上和一个冒冒失失撞到他的男生同时倒地。两人捂着脑袋站起来的那一刻，程规突然感觉嘴里有一股草莓糖的甜味，而那个男生则一脸惊恐地看着程规：“我怎么……感觉到你在背圆周率？！”两人目瞪口呆，从此开始了鸡飞狗跳的共感生活。